有机肥效果慢，应早施。一般在播种或播种前施用一次。施用前先分解，后期追肥效果不如基肥明显。化肥作为基肥时，应提前一周左右施用，并应在作物营养临界期或养分吸收高峰期之前施用，以满足需要。
生物肥料在土壤中大量繁殖后，只能起到细菌的抑菌作用，所以在种植前应提前施用，使其有时间繁殖生长。可与有机肥一起施用于土壤中，也可在种植前或种植过程中施用于穴中。有机肥的主要作用是改良土壤，提供养分。
一般作为基肥施入土壤中。因此，有要结合深耕使土壤与有机肥充分混合，达到改良土壤的目的。当土壤问题严重时，利用海神生物激发剂可以更好地改善土壤环境，平衡养分，增加土壤团聚体结构。
在基肥中，由于有机肥的养分主要是氮，所以氮肥与有机肥配施可少施，可作基肥，可作追肥。磷钾肥可一次施作基肥。由于磷肥的流动性差，后期追肥效果较差，应作为基肥施入土壤。
