正常施用有机肥不会损伤植物的根系，但更多的有机肥会灼伤根系。由于有机肥长期发酵，无机盐含量不低，过量施肥一定会使根离子浓度过高，引起根灼伤现象，但不会灼伤植株。
由于有机肥效应稳定温和，土壤溶解度变化相对缓慢，不会引起植物脱水和死亡;而且，经过高温分解发酵处理后，不像未经处理的农家肥，会呕吐发酵，使植物的根、须腐烂。
应加强通风，避免空气污染扩散。有机肥分解过程中产生的氨不能挥发。因此，需要增加放气频率和时间，以便及时将氨气排出大棚，避免气害的发生。
增加保根肥料的施用，可以减少未成熟有机肥对根系的影响，生物菌肥等功能性肥料可以压抑根系病害的侵染。此外，还能增加土壤有机质含量，改善产品质量，促进光合作用，增强职业趋光性，植株健壮，有利于糖分的积累，延长作物的保鲜期。
